過去完了の基本形(had+過去分詞)

完了・結果(~してしまっていた)

過去のある時点までの動作や状態の完了・結果を表します。

The dinosaurs had already become extinct when mankind made an apperance.
「人類が出現したときには、すでに恐竜は絶滅していた。」

経験(~したことがあった)

過去のある時点までの経験を表します。

Jessica had seen the cith in her mind many times until she acutually went there.
ジェシカは実際にそこに行くまでに、何度もその街を頭の中で見たことがあった。

actually 実際に

継続(ずっと~だった)

過去のある時点までの状態の継続を表します。

This town had been a serene place before the factory was built.
「その工場が建てられる前は、この町は静かなところだった。

大過去

過去のある時点よりも前の動作や出来事を表します。

After the man had robbed a bank, he fled to Mexico.
「その男は銀行強盗をした後で、メキシコへ逃亡した。」

次のように言い換えることができます。
The man robbed a bank, and (he) fled to Mexico.

after や before などがあれば、口語では話の流れが明らかなので、過去完了を使わずに過去形で表すこともあります。
After the man robbed a bank, he fled to Mexico.

過去完了進行形(had+been+~ing)

(ずっと~していた)

過去のある時点までの動作や状態の進行を表します。

Judy had been weeping before her father came home.
「ジュディーは父親が帰ってくるまでしくしくと泣いていた。」

「父親が帰って来た」という部分が過去のある時点までのことで、そのちょうど前までを進行形として表しているということですね。

意味が理解できればよいのであって、それぞれの用法を覚えることが重要なのではありません。